しかし、炭水化物を極端に抑えて体重を減らす方法は、腎臓や肝臓に負担がかかり、がん、心臓病、脳卒中、糖尿病など生活習慣病発症のリスクが高まるとされています。アメリカがん研究財団は、糖尿病などの研究団体、消費者団体とともに、本質的な栄養摂取のための共同体(the
Partnership for Essential
Nutrition)を設立し、「低炭水化物ダイエットには科学的根拠がない」と批判しています。また、アメリカがん研究財団によると、「財団などが推奨している脂肪の摂取を減らし、果物と野菜を増やすダイエットとの比較調査では、最初の6カ月は低炭水化物ダイエットの方が急激に体重が落ちるが、体重を減らす効果は1年後にはほぼ同じになる」としています。